Các loại rau được trồng trong hệ thống thủy canh khá đa dạng, trong đó phổ biến là các loại rau ăn lá và rau gia vị, chẳng hạn như xà lách và một số loại rau có giá trị kinh tế khác. Đầu tiên, hạt giống sẽ được ươm trong các viên mút xốp hoặc giá thể phù hợp. Sau khoảng 15–20 ngày, hạt nảy mầm và cây bắt đầu xuất hiện khoảng 2–3 lá thật. Lúc này, cây con đủ điều kiện để chuyển lên hệ thống giàn thủy canh. Sau khi đưa lên giàn, bộ rễ của cây sẽ phát triển xuống phía dưới ống. Dung dịch dinh dưỡng sẽ liên tục chảy qua khu vực bộ rễ. Cây sẽ hấp thụ nước và các chất dinh dưỡng cần thiết để tiếp tục phát triển. Đối với một số loại rau ăn lá, sau khoảng 30 ngày, cây có thể đạt giai đoạn thu hoạch, với trọng lượng khoảng 250–300 gram/cây, tùy giống và điều kiện chăm sóc.